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生命情報科学若手の会

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2011沖縄セミナー PDF

無事終了のお知らせ: 生命情報科学若手の会・沖縄セミナー

ご参加下さった皆さま、大変ありがとうございました、開催日程中の沖縄県は、幸いながら天候もよく、とくにトラブルに見舞われることなく無事終了することが出来ました。この場を借りて、協賛とサポートを下さった法人・学術団体の皆様に、重ねてお礼を申し上げます。

 生命情報科学若手の会
2011 年 9 月 8 日
 
沖縄科学技術研究基盤整備機構ウェブサイトのニュース記事もご覧ください:

〜当日の様子〜

 

 

 

 

〜参加学生のレポートより〜

青木裕一(東北大学大学院工学研究科バイオ工学専攻 D1)
今回の生命情報科学若手の会・沖縄セミナーでは、情報解析技術や統計の基礎から、それらを応用した実践的な生命科学研究の内容まで、幅広い知識を学べました。自分は、普段の研究では実験が中心なので、情報科学的な知識は乏しいという立場での参加になりました。しかし、ハンズオンセミナーでは、情報解析をするための環境の準備に十分な時間を割いて丁寧な説明をして下さったため、不慣れな自分でも講義を理解し、情報解析や統計の大切さ・面白さを知ることが出来ました。また、多くの講師の先生方から最先端の研究発表を聞き、生命情報科学研究の面白さを実感することが出来ました。さらに、研究内容のみならず、研究に対する心構えや情報解析の有用性について話を聞けたことも、今後の研究生活への良い刺激となりました。今回のセミナーは、「挑戦したいけど難しそう」と感じていた情報科学的なアプローチを学び始める良いきっかけになりました。旅費サポートや会場の提供を含め、充実したセミナーに参加する機会を与えて下さった関係者の皆様に感謝致します。ありがとうございました。

大久保卓(東北大学大学院生命科学研究科 D1)
私は、環境中の微生物群集構造の研究を中心に研究を進めており、普段から次世代シーケンサーでシーケンスしたメタゲノムデータなどの解析をしております。今後発現解析や微生物ゲノムの決定などに取組みたい考え、基礎的な技術の習得や情報収集を目的に参加しました。現場経験豊富な参加者と直接コミュニケーションをとることができ大変有意義なセミナーとなりました。セミナーで得られた知識や経験は今後の研究を進めるうえで非常に役に立つものであると確信しております。私は微生物の研究をしておりますので、真核生物の研究をしている方々とは、お会いすることは普段はほとんどないのですが、今回のセミナーでは様々な分野の研究者が一堂に集まり、互いの研究を紹介しあうことで自分の視野を広げることができたことも大きな収穫でした。参加者、特に講演者たちのサイエンスへの意識の高さもとても印象に残っております。欧米など他者の後追いではなく、リスクと取って研究を進める勇気を少しだくことができました。最後に、会の企画、運営に携わった方々、資金面でサポートしてくださった方々に、深く感謝の意を表します。

岡野悠太郎(東北大学大学院情報科学研究科情報生物学分野 M1)
9月2日に受けたハンズオンセミナーは,バイオインフォマティクスを研究していくうえで大変価値のあるものだったと思います。
Amazon EC2クラウドでは大量のデータを処理できることがわかりました。通常1台のパソコンで処理しきれないデータも,その1台のパソコンを用いて仮想的にマシンを呼び出して処理ができるので,非常に効率的な印象を受けました。また,パソコンを購入する初期費用がなくなるだけではなく,パソコン設置場所が不要であったり,電源等によるランニングコストの削減にもつながるので,コストの削減にもなると思いました。
BioRuby,Rの講習では,次世代シーケンスデータ解析を行ううえで,基本的な処理手順を学べたと思います。BioRubyでデータを処理して,Rでそれを可視化するという「最強」のステップで重要なデータを洗い出す方法を,実際に手で触れることで実感できました。
9月3日に聴講した研究発表も,様々なバイオインフォマティクス分野の研究や,実際の比較解析などの手法まで具体的に知ることができたので,大変有意義なものであったと思います。
私の研究室自体は基本的にウェットで,プログラミングを活用した情報処理は本当に個人でやっている状況です。それで今回もう少しドライな手法も学びたく,今回のセミナーに参加させていただきました。結果的にはバイオインフォマティクスの持つ高い将来性を知ることができ,私もウェットだけではなく,もう少しドライに力を入れてみようという意欲がわきました。
今回は大変勉強になりました。ありがとうございました。
 
岡村容伸(東北大学情報科学研究科応用情報科学専攻 M1)
今回の沖縄セミナーに参加することで今までとは違うバイオインフォマティクスの世界を見ることができた。現在はドライ系のラボに所属しているが、今までは我流でやってきたところも大きかったので、今回のセミナーで導入だけでも学ぶことができたので有意義であった。今まで便利なコマンドが存在することを知らずに車輪の再発明をしていたが、すこし調べればコマンドを見つけられることが分かったので、今後はより研究が効率的にできるようになると思う。また、クラウド環境を使うのも思っていた以上に簡単であることが分かったので、機会があれば利用してみたい。
研究会では普段の閉じたラボの中だけでは聞けないような興味深い内容を聞くことができた。学会でも新しい話を聞くことは出来るが、求められる前提知識が高く、情報系の自分には内容を理解するのが難しかった。しかし、今回は学生やバイオインフォマティクスの初学者を対象としていた分、内容を理解しやすく、幅広い話題を聞くことができたのが良かった。
今回の沖縄セミナーでは普段のラボではできない経験をすることができたので、今後も機会があれば参加してみたい。

奥野周(東北大学生命科学研究科 M1)
私は土壌中細菌ゲノムのフィニッシングをしており、ゲノムの膨大なデータを扱うにあたって、テキスト処理が得意なプログラム言語のひとつであるperlを勉強しました。学部時代にCやjavaなどを触っていたこともあって比較的すんなりと基礎部分は習得できたので、それで満足していたのですが、今回のセミナーで「プログラムは覚えるのは目的ではなく手段。自分のやりたいことが出来るようになるなら、新しい言語であろうと覚えて使えるようにするべき」というお話を聞き、目から鱗が落ちる思いでした。もともとperlを主に使用していた中村先生は、現在RubyとRを併せて使うことが多くなったと仰っており、ひとつの言語にこだわり続けることの無意味さとナンセンスさを肌で感じられる体験談でした。自分も毛嫌いせずに次々と吸収していこうと思います。
今回のセミナーを行おうと思われた「今まではそういった環境が無かったため、バイオインフォマティクスを次の世代へ伝える場を持とう」という動機に始まり、講師の皆様の志の高さやエネルギーに大変刺激されました。今後の研究活動によりいっそうの情熱を持って取り組みたいと思います。

津久井隆裕(東北大生命科学研究科 D3)
私たち大学院生がゲノムを扱っているということで、研究室にわざわざ声をかけていただき、この沖縄セミナーに参加させていただきました。私の所属する研究 室はウエットの研究室です。どんな方法でどんなソフトを用いるかとか、設定はどうすればいいのかという疑問と日々格闘する毎日です。そういった中で、こう いう機会を与えて下さったことにはとても感謝しています。
ご存じの通り我々東北大のメンバーは、3月の震災で研究と生活の両面で大きな影響を受けました。学生やその家族で犠牲になられた方もいらっしゃいますし、私のアパートや大学の施設も損傷を受け、大事なサンプルや研究機器も多くが失われました。大学の損失は膨大です。
そういった中、旅費や宿泊費等をサポートしていただき、大変助かりました。どうもありがとうございます。
研究の第一線に立っておられる先生方が創意工夫を重ねて参加者にバイオインフォマティクスの初歩について教えて下さる熱い姿には正直感動致しました。今ま で全くの手探りで勉強していましたが、今回のセミナーがきっかけでもう少し効率的に技術の習得が進むのではないかと思っています。最先端の研究施設である OISTの見学もできて、多くの研究者の方々ともお話しすることが出来ました。沖縄ということでグスクやビーチにも連れて行っていただき、心身ともにリフ レッシュすることも出来ました。今回の経験を踏まえて、研究や知識の普及などでお世話になった分を社会に還元できるよう頑張りたいと思います。
 
李婕(東北大学医学系研究科生物化学分野 D1)
今回のBioinfoWakate 2011沖縄セミナーに参加して、他分野の先生たちと学生と交流したり、沖縄地元の文化を体験したりして、本当に勉強になりました。そして、サポートしてくださったバイオインフォマティクスプログラミングコンテスト、JSBi 沖縄地域部会、JSBi 東北地域部会、OIST、(財)沖縄科学技術振興センターに誠に感謝しております。
私はバイオインフォマティクスの初心者で、普段あまりコンピューターの仕事をやっていません。細胞分裂とか巨核球分化のメカニズムをテーマとして研究しています。最初段階で、「Expression Profiler」というサイトを利用して、相関遺伝子の同定を行ったことがあります。なかなかバイオインフォマティクスが神秘で難しい学問だと思っています。今回のセミナーを通して、専門家の先生たちはソフトのインストールから親切に詳しく説明してくださって、初心者の私でも、すこしだけ言語を入力して、RやRubyを使うようになりました。分からない部分がまだたくさんありますが、今回のセミナーをきっかけに、もっとバイオインフォマティクスを学びたいと思います。
発表会のあと、OIST内部のツアー、座喜味城の見学、渡口ビーチのBBQ、懇親会なども行いました。今回の沖縄セミナーは、私の一生忘れられない美しい思い出になります。担当の先生たちに誠にありがとうございます。
   
前田隼輔(東北大学植物生殖遺伝分野 M1)
今回の生命情報科学若手の会・沖縄セミナーでは、様々なバックグラウンドの方がバイオインフォマティクスに興味を持っている、またはそれを用いて解析したいという理由で参加していることに驚いた。最近では、一度の実験で膨大な量のデータが得られる時代に入っており、これからは得られたデータをどのように解析していくかが重要となり、研究対象に問わずバイオインフォマティクスの手法は必要である。私が所属する研究室も、wetの解析手法がメインであり、実際にdryな手法に触れる機会は少なかった。今回のセミナーでは、まず実際に解析に使うソフトの操作などを教わり、その後解析を行っている講師陣の研究発表を聴講するといった流れで基礎から応用までを知ることができた。
OISTという最先端の研究施設と、最先端の研究内容にふれることができ、非常に興味を持つと共に、バイオインフォマティクスへのハードルが下げられた。今回得られた技術・知識は、繰り返し作業などをコンピュータに実行させることや、データベースなどを有効に活用することで自分の研究に役立てたい。また、このような機会は、研究全体の活性化・高速化が期待され、今後もこのような活動を続けて頂きたいと思うと共に、自らも積極的に取り組み、バイオインフォマティクスを広げていきたい。

泉ひかり(北海道大学水産科学院 M1)
私は修士課程1年ですが、まだウェットな手法しか行っておらず、お恥ずかしいながら、バイオインフォマティクスという分野すら知りませんでした。普段から情報系に携わることがないこのような素人が参加して良いものか、場違いではないかという不安でいっぱいでした。しかし、このセミナーは、学生、若手研究者対象のセミナーということもあり、堅苦しくなく、素人でも参加しやすい雰囲気でした。また、実際に参加して感じましたが、素人にも丁寧に教えてくれる講師の方々、わかりやすい講義、さらに寝食を共にすることで、とてもリラックスして様々なことが学べました。特に、統計などの情報処理の大切さを学びました。私はこのセミナーに参加できて本当によかったと思っています。
興味はあるけど、普段から携わらない分野のセミナーには参加しにくいと感じる学生は少なくないと思います。このような学生のためにもたくさんセミナーを開いてほしいと思います。また、次世代シーケンサー、マイクロアレイから簡単に膨大なデータが得られる今日、その膨大なデータをどのように処理するかが重要になります。迅速かつ的確な情報処理をするためにも、今後、学生・若手研究者がバイオインフォマティクスを学ぶことはとても重要であると思います。
 
町山麻子(東京大学大学院薬学系研究科 D4)
生命情報科学若手の会主催の沖縄セミナーに旅費サポートを受けて参加しました。本セミナーおよび研究会は、2011年9月1?4日にかけて沖縄科学技術研究基盤整備機構 (OIST) にて開催されました。
ハンズオンセミナーでは、様々な目的に利用できるバイオインフォマティクスの基礎を教えて頂きました。またテーブルチュートリアルでは、東北大の大林先生を中心として、トランスクリプトーム解析について充実した議論をさせていただきました。研究会の発表内容はバラエティに富み、バイオインフォマティクスが生命科学研究に幅広く必要とされていることを実感しました。また、生命情報科学若手の会のスタッフの方々と研究について議論する機会に恵まれ、大変刺激を受けました。本セミナーでの得た知識と経験を、今後の研究活動に活かしていきたいと思います。
最後になりましたが、本セミナーならびに研究会の企画・運営に携わられたスタッフ・講師の皆様に感謝いたします。また、参加にあたって旅費サポートを頂きました、JSBi、バイオインフォマティクスプログラミングコンテスト、OIST、沖縄科学技術振興センターにこの場を借りて御礼申し上げます。また、OISTの案内をしていただいた川島さんに感謝いたします。

 

 
『生命情報科学若手の会・沖縄セミナー』 開催のご案内

いよいよ開催2週間前となりました。

また、本セミナーのコンテンツやスケジュールも整いましたので、参加者の皆さんに、メールによるご案内周知とプログラム冊子(PDF)の送信をしました。もし正常にメールが届いておられない方は、生命情報科学若手の会・スタッフメーリングリストまでご連絡を下さい。 このメールアドレスは、スパムロボットから保護されています。アドレスを確認するにはJavaScriptを有効にして下さい

本セミナーでは、東日本大震災被災地の学生を応援したいという思いから、被災地域からの参加学生各氏には、出来る限りの旅費サポートを試みました。本企画に協賛とサポートを下さったバイオインフォマティクスプログラミングコンテスト、JSBi 沖縄地域部会および東北地域部会、Okinawa Institute of Science and Technology (OIST)、財団法人 沖縄科学技術振興センターに、この場を借りて心より御礼を申し上げます。
 
 生命情報科学若手の会
2011 年 8 月 18 日
 
以下、プログラム集の内容を一部抜粋して記します。
 

プログラム集(冊子)のイメージ


   

   


初日(9/1)の会場到着までのスケジュール

15:30 那覇空港に到着後の集合: 那覇空港 1F 北側『郵便局』前

16:00 那覇空港→OIST へのバス出発

17:00 OIST 着・会場に集合


セミナーのスケジュール概要

9/1 (木) 17:30~ 開催の挨拶・チュートリアル・研究紹介(川島)、夕食 & 懇親会(自己紹介)

9/2 (金) 09:00~ ハンズオンセミナー1~4、ナイトセッション(ディスカッション & 懇親会)

9/3 (土) 09:00~ 研究発表、エクスカージョン(OIST・座喜味城・渡具知ビーチ)、夕食 & 懇親会(BBQ)

9/4 (日) 09:00~ 閉会の挨拶・解散

 

ハンズオンセミナー

セミナー1『バイオインフォマティクス環境の整備: Amazon EC2クラウドの活用』

セミナー2『スクリプト言語(BioRuby)を用いた次世代シーケンスデータ解析』

セミナー3『統計解析ソフトRとその活用: 統計の誤用を避けるための基礎を知る』

セミナー4『テーブルチュートリアル: ゲノム/データベース構築/分子構造/進化解析ほか』

 

研究発表

荒川和晴 (慶應大) 『ヨコヅナクマムシのマルチオミクス解析』

松本光代 (東北大医) 『転写抑制因子Bach1のChIP-seq解析~Wetの研究者が初めて情報解析を行うとき~』

中村昇太 (阪大微生研) 『メタゲノミクスを応用した病原体検出システムの開発』

佐瀬英俊 (OIST) 『植物のエピジェネティック変異体とトランスクリプトーム解析』

岩崎渉 (東大大海研) 『大規模な生命科学データを解釈するためのバイオインフォマティクス技術』

郷康広 (京大霊長類研) 『霊長類ゲノム・トランスクリプトーム・エキソーム研究』   

入江直樹 (理研 CDB) 『進化発生学の古典問題にバイオインフォマティクスで挑む』

佐藤行人 (遺伝研) 『情報解析による仮説提起からサポーティブな野生事例の発見へ: 魚類ミトコンドリア遺伝子配置研究からの一例』

 

Marine Genomics Seminar Ser. 18th.

 “Gene coexpression analysis to explore real gene network.” Dr. Obayashi (Tohoku Univ.)

エクスカーション

 OIST・座喜味城・渡具知ビーチ(BBQ & 懇親会)



生命情報科学若手の会・沖縄セミナー(被災地学生全額サポート)のお知らせ

募集は締め切りました,ご応募ありがとうございました.


生命情報科学若手の会は、会の活動の一環として、今年秋(9月1日~4日)に
「生命情報科学若手の会・沖縄セミナー」を開催する予定です。

本セミナーはハンズオンセミナーと意見交換がメインとなっており、いわゆる『ドライ』
な手法に興味がある・すでに行っている、これから活用していきたいと考えている
学生・若手研究者の参加者を募集いたします。

また、被災地の学生を応援したいという願いから、被災地からの参加者に関しては
旅費(交通費+宿泊費)を全額サポートいたします。

* 日時:2011年9月1日(木)~9月4日(日)
* 会場:沖縄科学技術研究基盤整備機構 (OIST)
* 主催:生命情報科学若手の会、OIST(Marine Genomics Unit)

スケジュール

* 9/1 (木) 移動、キックオフ、参加者全員による自己紹介4コマプレゼン
* 9/2 (金) ハンズオンセミナー、オープンスペースによるディスカッション
* 9/3 (土) 研究発表、OIST見学、懇親会
* 9/4 (日) 移動
 

セミナー内容(予定)

ゲノム解析:細菌ゲノムを例としたゲノム配列の解析手法,メタゲノムを例とした次世代シーケンサデータの解析手法を初歩から講義する.
 講師予定:荒川和晴 (慶應大),川島武士(OIST),中村昇太 (大阪大) 他
トランスクリプトーム解析:公共データベースやマイクロアレイで取得したトランスクリプトームデータの解析手法を初歩から講義する.
 講師予定:入江直樹 (理研 CDB),大林武(東北大) 他
進化解析:分子進化解析手法を初歩から講義する.
 講師予定:岩崎渉(東大),佐藤行人(遺伝研)  他

研究発表内容(予定)

 

  • 川島武士(OIST)
    • OIST サンゴ・褐虫藻のゲノム解読プロジェクトの概要
  • 佐瀬英俊(OIST)
    • 植物のエピジェネティック変異体とトランスクリプトーム解析
  • 荒川和晴 (慶應義塾大学 先端生命科学研究所)
    • ヨコヅナクマムシのマルチオミクス解析
  • 中村昇太 (大阪大学 微生物病研究所)
    • メタゲノミクスを応用した病原体検出システムの開発
  • 入江直樹 (理研 CDB)
    • 脊椎動物ファイロタイプ仮説検証と発生学的構造特性の示唆
  • 岩崎渉(東大)
    • 大規模な生命科学データを解釈するためのバイオインフォマティクス技術
  • 大林武(東北大)
    • 遺伝子共発現の組織比較
  • 佐藤行人(国立遺伝学研究所)
    • 情報解析による仮説提起からサポーティブな野生事例の発見へ: 魚類ミトコンドリア遺伝子配置研究からの一例

 

 

 

参加募集

参加登録は次のフォームからお願いします。旅費サポートをご希望される方は通信欄にお書き下さい。
http://goo.gl/6obhK

【被災地域 (全額サポート対象)】
現在 10 ~ 15 人程度サポートできる見込みです。
人数超過の場合には、震災の影響や所属のバランスを考慮しつつ、
北関東および東北地域の学生を優先いたします。

【一般参加】
旅費のサポートはございませんが、若手研究者(学生、ポスドクなど)の参加を募集します。

【講師募集】
旅費のサポートはございませんが、ハンズオンセミナーの講師をしていただける方を募集いたします。
被災地の学生を応援するため、ご協力をお願いいたします。
講師としての参加をご希望の場合は、可能なハンズオンセミナーの仮題を合わせてご連絡ください。
 
* 備考:PCは持参でお願いします
 
※ 本セミナーは JSBi 沖縄地域部会、JSBi 東北地域部会、OIST、(財)沖縄科学技術振興センターのサポートを受けています。

以上、よろしくお願いいたします。
お問い合わせは,生命情報科学若手の会・スタッフメーリングリストまで
このメールアドレスは、スパムロボットから保護されています。アドレスを確認するにはJavaScriptを有効にして下さい

生命情報科学若手の会
http://bioinfowakate.org/
最終更新 2011年 9月 15日(木曜日) 23:54
 
第2回研究会 PDF

「生命情報科学若手の会」第2回研究会(10/9-10,三島)のご案内

無事に日程を終了しました.

内容の濃い研究発表とキレの良いディスカッション,かつ全国の若手同士が密な関係を作れる場として,来年も研究会を予定しています.
生命情報科学関連の若手の皆さまの参加をお待ちしています.

当日の様子はTogetter - 「生命情報若手の会 day1 (2010)」Togetter - 「生命情報若手の会 day2 (2010)」にも一部記録されています.

2010_1

2010_2

2010_3

2010_4


プログラムの最終決定、および要旨集(WEB公開ver.)をアップいたしました。
ご自身の発表時間とポスター番号のご確認をお願いいたします。(2010-10-07)

(2010-09-14暫定プログラム公開,2010-09-28 一部改訂)

10 月 9 日 土曜日 (1日目)

10:00 -- 10:15 諸連絡(中川 草)

10:15 開会の言葉 国立遺伝学研究所 五條堀 孝 教授

10:30 -- 11:30 Session 1:メタゲノム解析・次世代シークエンサー 座長:岩崎 渉

  • 中村 昇太(阪大)メタゲノミクスを応用した病原体検出システムの開発(Poster No. 1)
  • 大久保 卓(東北大)イネ内生微生物のメタゲノム解析(No.2)
  • 中川 草(遺伝研DDBJ) 次世代シーケンサーを活用したウシの胎盤発生に関与する内在性ウイルス由来の遺伝子の探索(No.3)

11:45 -- 12:45 Session 2:メタゲノム解析・次世代シークエンサー 座長:中村 昇太

  • 佐々木 惇(東大)ゲノムワイドDNAメチル化データの解析手法(No.4)
  • 八谷 剛史(慶應大)RNA-seq データに基づく遺伝子構造予測アルゴリズム(No.5)
  • 荒井 ひろみ(筑波大)生命情報科学におけるプライバシー保護データマイニングの可能性(No.6)

13:00 -- 13:50 Lunchon Seminar:ライフテクノロジーズジャパン株式会社

14:00 -- 15:00 Session 3:ネットワーク解析 座長:荒井 ひろみ

  • 大上 雅史(東工大)立体構造情報を用いた網羅的計算によるタンパク質間相互作用ネットワーク予測(No.8)
  • 長谷 武志(医科歯科大)遺伝子重複による蛋白質間相互作用ネットワークの進化(No.9)
  • 斉藤 大助(理研ASI)数理モデルによる体節形成遺伝子ネットワークの解析(No.10)

15:30 -- 16:30 Guest Talk:東京大学 森下 真一 教授

16:45 -- 17:45 Session 4:ゲノム科学 座長:矢原 耕史

  • 荒川 和晴(慶應大)複製するメディアとしてのバクテリアゲノムの秩序(No.11)
  • 田中 義章(東大)転写因子結合サイト周辺DNA配列のヌクレオソーム配置に与える影響(No.12)
  • 平糠 和志(京大)寄生原虫ゲノミクスで読み解く宿主内生存戦略と分子機構(No.13)

18:00 -- 18:40 Poster Session

  • 望月 孝子(遺伝研)DDBJ Read Annotation Pipeline 次世代シーケンサ由来配列データ解析パイプライン 解析目的別ワークフローの構築(No.7)
  • 神澤 秀明(総研大)関東以北日本列島人の古代ミトコンドリアDNAによる遺伝的解析(No.24)
  • 佐々木 貴史(慶應大)慶應義塾大学医学部における次世代シーケンサー解析パイプライン及び運用体制の構築(No.26)

18:40 -- 20:45 フリーディスカッション

20:45 -- 宿に移動

 


10 月 10 日 日曜日 (2日目)

 9:40 -- 10:40 Session 5:データベース 座長:丹谷 恵子

  • 大林 武(東北大) 遺伝子共発現データの比較を利用した遺伝子機能の網羅的推定(No.14)
  • 三原 基広(農生研)アミノ酸配列の保存モチーフパターンによるクラスタリングとSALAD databaseの作成(No.15)
  • 佐藤昌直(基生研)シグナル伝達ネットワークモデリングによって明らかになった 植物免疫システム構造 – スイッチ型シグナル伝達と想定される意思決定機構(No.25)

11:00 -- 12:00 Session 6:計算機科学 座長:荒川 和晴

  • Thanet Praneenararat(東大)Interactive Multi-Scale Navigation of Large and Complicated Biological Networks(No.16)
  • Kris Popendorf(慶應大)Challenges in Parallel Anchor Search(No.17)
  • 齋藤 裕(慶應大)機能性 RNA の相同性検索(No.18)

12:15 -- 13:05 Lunchon Seminar:イルミナ株式会社

13:15 -- 14:15 Session 7:進化解析 座長:平糠 和志

  • 丹谷 恵子(東工大)進化的起源を同じくする酵素群における機能的差異とドメイン構成の多様性(No.19)
  • 入江 直樹(理研CDB)脊椎動物ファイロタイプ仮説検証と発生学的構造特性の示唆(No.20)
  • 矢原 耕史(久留米大・富士通九州)利己的なホーミング・エンドヌクレアーゼ遺伝子の自立的進化(No.21)

14:30 -- 15:10 Session 8:進化解析 座長:入江 直樹

  • 岩崎 渉(東大)車輪樹法:系統樹を超えて(No.22)
  • 佐藤 行人(遺伝研)脊椎動物研究の比較基盤として重要な深分岐魚類ポリプテルスにおけるトランスクリプトーム大量配列決定の試み(No.23)

15:10 -- 15:30 閉会の辞(岩崎 渉) & 記念撮影

15:30 -- 16:30 生命情報科学若手の会 年次総会・意見交換会

 


 

 ※応募締切を9/8(水)までに延期しました!(2010-09-02)

 

「生命情報科学若手の会」では第2回研究会を10/9(土)-10(日)静岡県三島市の国立遺伝学研究所にて開催します。
(昨年の研究会はこちらです.大学院生から若手准教授まで、口頭研究発表も夜の旅館での交流もどちらも時間オーバーして盛り上がりました。)

バイオインフォマティクス・ゲノム科学分野の研究に従事している若手研究者ー大学院生を対象とした
比較的小規模で密な交流の場になればと思います(ウェット・ドライは問いません!)。

参加者にはスライドでの口頭発表とポスターを用意していただきます。

参加費は無料です(時間・予算の都合による発表者数の制限はあります)。
発表者は原則として交通費・宿泊費・食事代はサポートされますが、ご自身の研究費等から
一部充てることが可能な方には、その旨お願いすることになるかもしれませんのでご了承ください。

また、東大新領域の森下真一先生によるゲストトークも開催予定です。
次世代シークエンサーとのその応用について、若手の会ならではの視点でお話ししていただきます。

募集要項

参加・研究発表を希望される方は 9/3(金)9/8(水)

 - 発表タイトル・要旨(A4 1枚.docフォーマットを使い,添付ファイルとしてお送り下さい.)
 - 名前、メールアドレス、所属と身分、性別(宿泊手配の為)
 - 旅費に充てることが出来る研究費の有無
 - 発表タイトル・要旨のウェブ上での公開の可否
 - 個人ウェブページのURLや論文発表リスト

を  このメールアドレスは、スパムロボットから保護されています。アドレスを確認するにはJavaScriptを有効にして下さい までお送り下さい。

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本研究会は以下のスポンサー各位のご援助を受けております.この場を借りて,厚くお礼申し上げます.

国立遺伝学研究所

illuminaイルミナ株式会社

lifetechnologiesライフテクノロジーズジャパン株式会社

bitsビッツ株式会社

sts_logoサイエンス・テクノロジー・システムズ株式会社

dynacom株式会社ダイナコム

wako_logo和光純薬工業株式会社

WEELOCH有限会社WEELOCH

最終更新 2010年 10月 11日(月曜日) 15:33
 
第3回研究会 PDF

 無事終了のお知らせ: 生命情報科学若手の会・第3回研究会

 今回も全国津々浦々から、多様な研究に関わる若手の皆様のご参加を、誠にありがとうございました。今年の発表者数は 40 名を超え、皆様のおかげで、いつにも増して活発な討論と交流を行うことができたと思います。また、木村暁・国立遺伝学研究所准教授(細胞建築研究室)、小山宏史・基礎生物学研究所助教(初期発生研究部門)両博士のご招待講演から、素晴らしく新鮮な議論を展開することもできました。重ねてお礼を申し上げます。併せて、協賛とサポートを下さった基礎生物学研究所(共同利用研究助成)、フリューダイム、ライフテクノロジーズジャパン、イルミナ各法人に、この場を借りてお礼を申し上げます。

 生命情報科学若手の会
2011 年 10 月 19 日

 〜当日の様子〜

 集合写真(2011/10/16)

 

 口頭発表の様子(産総研・原雄一郎さんの発表)

 

 木村暁先生(遺伝研)の招待講演

 

質疑の様子

自然発生する交流の輪

 

ポスター&懇親会セッション前のフラッシュトークにて

 

小山宏史先生(基生研)の招待講演

今回の開催で準備を進めた佐藤行人(代表・遺伝研)と佐藤昌直(年会代表・基生研)。大上代表およびスタッフ全員のアイデアも合わさって、成り立ちました。



要旨集

 会場となった自然科学研究機構・岡崎コンファレンスセンター(愛知県岡崎市)

 〜参加者の声〜

岩田浩明(京都大学・研究員)
今回の第3回研究会が初めての参加となります。若手の会だけあって、同年代の研究者、学生が大半で、非常に活気のある研究会でした。特に、夜の部は半分以上の参加者が一つの場所に集まって、若手の会ならではの熱い議論が繰り広げられていました。そこには、若手の力で生命情報科学を盛り上げるぞといった熱い思いがあったように思います。
私と同年代の研究者、また若い学生の皆さんが立派に研究し、発表している姿を見ると、負けていられないな、という気持ちになり、非常にいい刺激をもらいました。どうしても、ドライ系の研究者は計算機のみのやりとりのみの研究生活になってしまいがちです。いろいろな研究会に参加し、研究に対する視野を広げるといった意味においても今回の研究会は素晴らしい経験となりました。次回はラボの後輩たちも参加するように誘ってみます。
資金面でサポートしてくださった方々に、深く感謝の意を表します。

梅澤雅和(東京理科大学総合研究機構 PD)

2日間、とても貴重な体験をさせてくださった皆様に御礼申し上げます。生命情報を扱う技術を改善・発達させようとする人、生命情報科学を活用して各々の分野をよりよく理解しようとする人。双方の集まる場での活発なディスカッションは、私自身の研究課題を発展させる上で必ず価値ある糧となりそうです。また、生命の根本的な部分を理解していく上でも、「生命の情報」を扱うことに長じたこの分野は必須の役割を果たしていくのであろうと、今回の研究会の参加を通して確信することができました。会の主催をしてくださった皆様に御礼申し上げると共に、今後も生命情報若手の会とのご縁を頂ければ幸いと願っております。

大上雅史(東京工業大学 大学院情報理工学研究科 D1)

自然科学研究機構、岡崎コンファレンスセンターにて開催された生命情報科学若手の会第3回研究会に、スタッフとして、また一参加者として参加させて頂きました。私は情報工学が専門であり、実際に実験に携わっている研究者の話を聞くのが楽しみで昨年に引き続き参加しましたが、バラエティに富んだ多くの発表が行われ、学生も若手研究者も関係なくフランクな雰囲気の中で活発な議論が展開されるこの会の雰囲気が特に気に入っているというのもありました。実際に参加してみて、まさに期待通りの充実した会であったと思いますし、木村先生・小山先生による招待講演も、情報科学と生命科学の融合を目指す当会にぴったりの素晴らしい内容でした。ドライの立場から見ると、ウェットとドライの間にはまだまだ壁が存在しているなぁと個人的には思う一方で、その壁を乗り越えるには何をしていけばいいのか、どういうアプローチが在るのかといったことをより一層考えていけるきっかけにもなりました。最後になりますが、会をサポートして頂いたイルミナ株式会社、フリューダイム株式会社、ライフテクノロジーズジャパン株式会社と、旅費サポートを実施して頂きました自然科学研究機構 基礎生物学研究所 共同利用研究助成に多大なる感謝の意を表します。

鎌田真由美(京都大学 化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 数理生物情報研究領域 D2)
今回初めて生命情報若手の会に参加させていただきました。自分の思っていた研究会の雰囲気との違いに最初は少し戸惑いましたが、参加されている方々の研究に対する意識の高さを直に感じることが出来るとても有意義な研究会でした。
同年代の研究者の方々による先進的な研究発表はもちろん、活発な議論やそこに見える研究に対する意欲的な姿勢がとても印象的で、大きな刺激となったと共に自身の研究に対する目的意識を再確認する良い機会となりました。今回、スタッフの皆様をはじめ「自分が今後の生命情報科学を担うんだ」という熱意ある方々に出会えたことがとても大きかったです。研究発表の内容もテーマの幅が広く、ウェットの方が多かったこともあり、ドライ系ラボに身を置く私にとって新たに得る物が多々ありました。普段どうしてもラボに籠もりがちですが、外に出て様々な人と出会うこと、特に同年代の研究者の方と触れ合いその勢いを感じることの重要性を実感いたしました。また、今回は旅費のサポートをしていだけたことで、自分の行ってみたい!という気持ちそのままに参加することが出来ました。この様な機会を与えてくださったこと、サポートしてくださった方々ならびにスタッフの皆様に深く感謝致します。

小宮怜奈(日本学術振興会 特別研究員(PD))
遺伝研に所属している私は、第一回、第二回情報科学若手の会(遺伝研開催)を会場の後ろで聞き、多くの質問がとびかう会に、とてもアクティブな印象を受け、今回、念願の初参加をさせていただきました。
情報科学に関与した研究の中で、進化・プロテオミクス・ジェネティクス等、参加者の専門は多岐にわたっていますが、若手と呼ばれる世代の方々が最先端の研究を進めているだけあり、どの発表も大変興味深く、また、それぞれの発表に、アドバイスや質問が多く発せられているのに改めて感動いたしました。自身の発表後にも、多くのご意見や質問をいただき、今後の研究の方向性の一つを決めることもできました。一方、質問に充分に応えられなかった点等、自身の改善すべき点等もわかり有意義な時間となりました。異分野の方々と交流することで、その分野での最先端のお話や情報をうかがい、今後、共同研究等につながっていければ良いなという場面もありました。
学生のみなさんも積極的に質問している姿を拝見し、“勢い”ある環境作りは、スタッフの方々の熱い想いや行動力の賜物だと、大変刺激を受けています。このような白熱した会を運営してくださったスタッフの皆様に、そして旅費をサポートしていただきました基礎生物学研究所に感謝申し上げます。

今鉄男(三重大学医学系研究科薬理ゲノミクス分野)
私は低分子化合物が網膜に与えるゲノムワイドな影響について興味があり、研究を行ってきました。研究の過程で、DNAマイクロアレイや次世代シークエンサーを用いた解析を行い、バイオインフォマティクス的手法に興味を持つにつれ、バイオインフォマティクスの詳しい研究者の方々と議論がしたいと思いが強くなり、本研究会に参加するに至りました。研究会ではドライやウェットの研究者が入り乱れて、様々な議論がなされて活気に満ちあふれていました。また、農学や生物学、医学といった様々においてバイオインフォマティクスという学問が確固たる地位を築いていることを実感することができました。本研究会の内容で最も充実していたのはLightning Talkでした。これは各々のポスターで発表する研究内容の概要を発表4分質疑3分の形式で発表するというものでした。4分という時間は研究内容の要点を話すには丁度良い長さでした。また、3分の質疑の時間でたくさん質問をいただき、大変勉強になりました。また、Lightning Talkによってお互いの研究の概要を把握していることから夜のポスターセッションも大変盛り上がりました。普段、バイオインフォマティクスを専門とする研究者が周囲にいない環境で研究している身としましては、バイオインフォマティクスの最先端でご活躍されている研究者の方々と互いの研究テーマについて議論できたことは、大変すばらしい経験となりました。研究会を通して、多くの方と出会い、多くの価値観に触れ、自分を大きく成長できたと確信しております。このようなすばらしい機会を与えていただいたスタッフの皆様方には厚く御礼申し上げます。

澤田和典(北海道大学大学院農学院 博士2年)
私自身はバイオインフォマティクスの技術を用いた研究アプローチを取っていませんが、こうした技術がごく近い将来、必須になってくるだろうという思いがあり、バイオインフォマティクスの世界に触れるきっかけ作りとして参加しました。「生命情報科学若手の会」という名前でしたが、実際にはウェット系からドライ系まで多種多様な研究をされている方たちのお話をうかがうことができ、大変勉強になりました。研究会を通して感じたことは、バイオインフォマティクスは生物に関するあらゆる学問のコアになるものだ、ということでした。だからこそ、研究会の参加者のバックグラウンドがここまで多彩になりうるのだろうと思いました。研究発表以外でも「夜の部」は世代・身分を越えた楽しい交流ができました。ほぼ初対面なのにすぐに打ち解け合えたのは、この若手の会が外に開かれた研究会であり、同じ「目指すべきもの」を持っている人たちが集まっているからなのかもしれません。今回の研究会に参加し、自分が属しているコミュニティーの外に一度出たことは、客観的に自身の研究内容や方法論、今後の展開について考える良い機会となり、今後に生かしていきたい経験となりました。

新土優樹(慶應大学・環境情報学部4年)
今回旅費サポートを受け、初めて生命情報科学若手の会に参加しました。まずはじめに、このような機会を設けてくださった生命情報科学若手の会スタッフの皆様、会場スタッフの皆様、ならびにスポンサー各位に感謝申し上げます。
今回の研究会は12セッションからなり、そのいずれかで参加者が全員発表をするという形式でした。顔ぶれも学部生からPD、APの方々までおり、さまざまな視点から有意義なディスカッションが終日繰り広げられていました。ひとえに「生命情報科学若手の会」といっても、独自の視点や切り口から展開されているユニークな研究発表が数多くあり、とても刺激的であっという間の2日間でした。 私自身も4分間のLTとポスター発表をさせていただき、さまざまなフィードバックをいただきました。
これまでに参加した学会年会や研究会に比べると、生命情報科学若手の会は参加者同士の距離が近いというのも魅力的な点の1つだと感じました。夜の懇親会でも参加者同士はすぐに打ち解けあい、これからの生命情報科学や若手の会のあり方などについて、熱心に議論したことが印象に残っています。次回の研究会にもぜひ参加したいと思っています。

鈴木脩司(東京工業大学 学生)
私は、主に配列相同性検索の高速化をアルゴリズムの面、アーキテクチャの面、両方の面を考慮して研究を進めています。最近では、東京工業大学のスーパーコンピュータである「TSUBAME2.0」や神戸の「京」などを用いて研究を行なっています。私自身、情報系からバイオインフォマティクスという分野に飛び込んだこともあり、情報科学の観点からみて計算時間や精度がでているか、という議論をすることが主です。研究室も基本的にはドライな研究室なため、実際に生物の話を詳しくは行ってきませんでした。このため、今回の研究会では生物系の人が多く見受けられ、何時もとは違う視点での議論が多くて非常におもしろかったです。また、私自身が行ってきた研究がどのように役に立つのか実感することができ、更に研究を頑張っていこうというと思ういい機会になりました。また、今回の研究会では普段の研究室では聞くことができない生物系の研究者の生の声が聞けて非常に勉強になりました。今後、このような会があればまた参加してみたいと思っています。

高崎寛則(理化学研究所 ポスドク)
今回初めて生命情報科学若手の会に参加させていただきました。
近年生命科学研究手法の変化によって情報科学の視点が求められている現状にあり、時代の要請に的確に答える形でしかるべき精鋭が集まる会となっています。
第3回研究会は運営の熟慮された内容構成によって異分野の発表に触れる良い研究会でした。参加者全員が発表する形式となっており、初めて参加する者に丁寧にそれぞれの発表を理解してもらおうという姿勢が会全体を活発な議論の場にしていたように思います。
これからの生命科学を感じると同時に研究会がある目標に向かって成熟しつつあると感じたので今後の研究会の発展を期待します。

多田圭佑(東大新領域情報生命)
学外での研究発表は生まれて初めての経験だった。学部時代も研究をした経験はなく、大学院に入って修士の2年間しか研究をしたことはないが、長年に渡って取り組んできたことに対する成果を大勢の人の前で発表する経験は、1度きりの人生において多いことではないと思っている。また、発表だけでなく、自分の研究に関して自分の所属する研究室以外の方々から評価をいただけてディスカッションできたこともとても新鮮だった。学部のときは数学科だったので、かなり狭い分野の中でのディスカッション、というか、一方的な教授しかされなかったし、学部生の数学力なんて幼稚園児の恋愛みたいなものでディスカッションなどできるものではなかった。しかし若手の会では、様々な知識や技術、バックグラウンドを持った方々からご指摘や提案もいただけてとても刺激的だった。さらに有益だったのは、同年代の知り合いが増えたことである。若手の会は他の学会よりも同業者との交流に力を入れていると耳にしたが、そういったことは一見浮ついたように見えるが私は重要なことだと考えている。「将来大事なのはコネよ。」という恩師の言葉を胸に抱いて。

玉木聡志(慶應義塾大学 先端生命科学研究所 D1)
私は普段主にゲノム解析といったドライな研究をしている博士過程の学生であり、今回初めて生命情報若手の会に参加させていただいた。普段あまりなじみのない分野の方々と2日間の学会を通して交流することができ、各々の研究に対する問題意識や姿勢を学ぶことができた。
全体の交流を重視したスタイルは、少人数の学会の良さをとても良く生かしていたと思う。また、本研究会にはポスドクや助教の方々も多く参加しており、第一線で活躍しているプロの研究者がどのようなモチベーションや環境で研究しているかを、肌で感じることができる貴重な場であった。博士課程の学生は数年先の自分のビジョンを得られるし、学部・修士課程の学生はアカデミックの実情を知れるいい機会であると思う。
生命という現象は複雑で、そのシステムを解明するためには様々な分野からのアプローチが必須である。本学会を通じ、これから生命情報の分野を牽引するであろう人材達が自らの研究を分かりやすく、ときに面白くプレゼンし、問題意識を共有できることの意義はとても大きい。是非来年以降開催される学会にも参加させていただきたい。
最後に、生命情報科学若手の会のスタッフの皆様に心からの感謝を申し上げます。

中津海洋一(九州大学生体防御医学研究所 学術研究員)
私はこれまで完全にウエット畑で過ごしてきた立場でしたが、近年大規模データを日常的に取り扱うようになり、インフォマティクスの必要性を常々感じるようになっていました。新しい分野へトライする上で自学自習でできることは沢山ありますが、実際にやっている人たちと顔を会わせ生の声を聴くというの非常に貴重な機会です。そしてそこには図書館へ籠っても絶対に得られない情報が溢れていました。これは実際に手を動かしている人が中心である「若手の会」という空間だからこその恩恵だったと思っています。また実際に参加してみて、非常にレベルの高い会だと感じました。発表内容や質疑応答も含め、会場全体が高いレベルでひとつとなりディスカッションしている感覚はとても楽しく、幸せな時間でした。また、同年代の異分野での活躍を目の当たりにできたことも非常に刺激的で、明日からの研究の活力になりました。また今回参加するにあたり、旅費サポートを頂けたことはとても助かりました。スタッフの皆様、本当にありがとうございました。

福永津嵩(東大・新領域・情報生命 修士一年)
2011年10月15~16日にかけて基礎生物学研究所にて開かれた生命情報科学若手の会第三回研究会に参加させていただきました。次世代シーケンサーの登場などにより生物学において情報科学は必要不可欠のものとなっているにも関わらず、実験系研究者と情報系研究者の間はまだ分断されていますし、大きな学会では中々その分断状況は埋まらないように感じます。本若手の会では、純粋に生物学をやっている人から純粋に情報科学をやっている人まで幅広い分野の方が参加し、また交流・ディスカッションができる大変素晴らしい会であったと思います。私はRNA二次構造情報を利用することで、RNA結合タンパク質の予測binding siteの精度を向上するといったソフトウェア開発の話題を発表させていただきました。ラボ内だけですとどうしても視点が情報科学的・数理科学的視点に傾いてしまいがちですが、本会で実際にソフトウェアを使う実験系の方からアドバイスやお話をいただけたこと、特に「是非使いたいので早くリリースをしてほしい」と言われたことは大変勉強になりまた嬉しいことでもありました。最後になりましたが、本若手の会を企画いただいたスタッフの皆様及びスポンサーの皆様に厚く御礼を申し上げます。

冨士香奈(奈良女子大学大学院・修士2年)

今回初めて生命情報若手の会に参加させていただきました。バックグラウンドが物理なので初めは場違いではないのかと不安に思う気持ちもあったのですが、普段聞くことのないバイオインフォマティクスの最前線な話題に多く触れることができ、興味の幅を広げることができました。それに加え現在私はタンパク質の時系列データ解析をしておりますが、実験やシミュレーションで得られる膨大なデータをどのように処理するかという問題は常に存在するということも感じ、自分の研究の立ち位置も改めて確認することができたように思います。積極的に異分野の方と議論する姿勢、新たな分野を開拓しようとする姿勢がとても刺激になりましたし、今まで参加してきた学会、研究会、夏の学校のどれとも違う雰囲気でした。会全体を会の参加者皆で作り上げようという勢いが感じられ、積極的な議論もそこから生まれるのではないかと思います。司会進行や開催前の告知、旅費のサポートなど、オーガナイザーの方々がとてもしっかり運営しておられたのがとても印象的でした。本当にありがとうございます。今後の研究にこの若手の会で得られた経験を活かしていきたいと思います。

町山麻子(東京大学大学院薬学系研究科 博士課程4年)
10月15-16日に岡崎コンファレンスセンターにて開催された、生命情報科学若手の会第三回研究会に参加させていただきました。まず、旅費サポートを頂いた、ライフテクノロジーズジャパン、フリューダム株式会社に御礼申し上げます。
研究会での発表内容は情報科学系から生物系の研究まで多岐にわたり、また、その垣根を感じないくらい両分野に精通した人たちが多く集まり、活発でオープンな議論のある良い研究会でした。また、招待講演として発表されていた、国立遺伝学研究所の木村暁先生、および、基礎生物学研究所の小山宏史先生のお話を興味深く聞かせて頂きました。
私は、ポスター発表およびライトニングトークで発表させていただきました。構造生物学の研究に関して、別の分野の研究者から興味を持っていただき、貴重なご意見を伺うことができ、非常に良い経験になりました。
本研究会での経験を、今後の研究活動に活かしていきたいと思います。本研究会への参加にあたって、企画・運営に携わられたスタッフの皆様に感謝いたします。

松本拡高(東大・情報生命・M1)

本研究会に参加するのは今回が初めてだったが、その多岐にわたる分野の研究発表は非常に刺激になった。普段、大学にこもって研究をしているとどうしても生命情報科学という広い領域のごく一部にとらわれがちで、それを避けようと自分の専門とは異なる論文を積極的に読むよう心がけていたが、全く知識のない分野の論文はどうしても避けてしまい、対象あるいは手法のいずれかに興味があるような論文に限らてしまっていた。しかし本研究会で未知の分野の研究の意義、問題、そしてこれからに関する丁寧かつ熱い発表を聞くことで、より広い分野の知識の必要性を再確認できたとともに、いくつかの分野に対しては興味がわき、今後取り組みたいとも思った。そのような意味の他に、交流や経験などの意味も含め非常に有益な研究会であったと思う。

向出貴裕(名古屋大学 大学院医学系研究科 博士課程1年)
初参加の私に、特に鮮明に映ったのは、研究対象の豊富さでした。
様々な生物に関する研究を見ることができました。「様々な生物の特異的な現象」や「生物進化の時間軸との関係」、いずれも興味深いものでした。そして私にとって非常に得るに大きかったのは、実験技術・解析技術開発などです。実験結果の解析・考察しだいで新しい概念を発見できると、刺激を得るに十分なものでした。
生命情報科学は、Dry・Wetの共通的認識を繋ぐ役割を担っています。刺激的な時間を演出して下さりました方々に心から感謝するとともに、今後さらに研究会が発展することを願います。

 


 

「生命情報科学若手の会」第3回研究会(10/15-16@基生研、旅費サポート有)のご案内 

参加者の皆様へ

 開催まで、あと 2 週間あまりとなりました。 開催に当たって、下記掲載の事項をアナウンス致します。講演演者・参加者の皆様には、同様の内容をメールでもお送り致しましたが、万が一正常に受信できていない場合には、下記のスタッフ・メーリングリストまでご連絡を下さい。
 なお、基礎生物学研究所等からの当日の聴講参加も歓迎いたします。

 2011 年 9 月 30 日
生命情報科学若手の会
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[開催前アナウンス]

*開催プログラム:
暫定版の PDF ファイル (1.7Mb) を、メールにて送信致しました。受信できていない方は上記を参照してご連絡を下さい。

*会場と宿泊先に関して:
会場は、自然科学研究機構・岡崎コンファレンスセンター・中会議室、宿泊先は同・三島ロッジとなります。両施設ともに、名鉄・東岡崎駅から徒歩圏内の同じ敷地内にあります。

*口頭発表に関して:
一般講演は、トーク 15 分・質疑応答 5 分(計 20 分)、LT (lightning talk) は、発表 4 分,質疑応答 3 分です。LT の方には、PDF での発表をお願いしております。10/12 (水) までに、発表スライドの PDF を、スタッフ ML (上記) へ送信してください。

一般&招待講演の方は、発表スライドの形式は自由です。発表に使う PC およびコネクタ(Mac の場合)は、ご持参くだると幸いです。ご不明な点やリクエストは、スタッフ ML へお願いします。

2 日目に発表をされる方(LT, 一般)には、初日のポスターセッション前に、自己紹介を兼ねたフラッシュトークをお願いする予定です。1 人 1 分程度の発表時間で、スライドの有無は自由です。

*ポスター発表に関して:
参加者(LT, 一般)全員に、ポスター発表をお願いしております。ポスターボードのサイズは A0 です。A4 用紙の場合は 16 枚まで貼ることが出来ます。

*旅費サポートの方へのお願い:
年会の終了後に、参加記レポートのご提出をお願いする予定です。簡単なウェブフォームから入力する形式です。こちらについては、改めてご連絡を致します。

 以上、よろしく御願い申し上げます。

 


第3回研究会・開催プログラム

(注釈: 「一般」、一般講演; 「LT」、lightning talk)

<10 月 15 日(土) 会場: 岡崎コンファレンスセンター・中会議室>

10:00 -
開会の挨拶・諸連絡

10:15 -
Session 1: 病患生物学・病態医学 (座長・中村)
    * 中村昇太 (阪大)    感染症におけるメタゲノミック診断法の研究開発    [LT]
    * 中岡慎治 (理研)    皮膚炎理解のための知識データベース構築に向けた取り組み [LT]
    * 今鉄男 (三重大)    メベンダゾールによる網膜発生障害のトキシコゲノミクス [LT]
    * 梅澤雅和 (理科大) 医学的応用を目指したgene set enrichment analysis の原理の考察と解析ツール [LT]

Session 2: 植物生理・環境応答 (座長・大林)
    * 成瀬孝史 (東工大)    <タイトル非公開>
    * 松田修・高野茂 (九大) 葉の形態および分光特性に基づく植物種同定支援システムの構築 [LT]
    * 髙﨑寛則 (理研)    植物における環境ストレス誘導性NAC型転写因子の解析 [LT]
    * 永野惇 (京大)    野外環境におけるイネ・トランスクリプトームの統計モデリング [一般]

11:40 -
Session 3: 分子動態・タンパク/RNA相互作用 (座長・大上)
    * 大上雅史 (東工大)    MEGADOCK:立体構造情報からの相互作用予測 [LT]
    * 鎌田真由美 (京大)    タンパク質の動きを用いた時系列解析手法開発 [LT]
    * 福永津嵩 (東大)    RNA結合タンパク質の二次構造依存的モチーフを発見する手法の開発 [LT]
    * 冨士香奈 (奈良女子大) 分子動力学の時系列データ解析-生体分子の複雑な動きの変化とその意味 [LT]

12:20 -
Luncheon seminar: 株式会社フリューダイム
単一細胞からの総合的な遺伝子解析ナノ集積流体回路技術の更なる可能性

13:30 -
Invited talk I: 木村暁先生 (国立遺伝学研究所 新分野創造センター 細胞建築研究室)
細胞内部の空間構成を探る細胞建築学と、情報科学への期待

14:45 -
Session 4: 進化生物学 1 (座長・入江)
    * 原雄一郎 (産総研)    ヒトとチンパンジーの全ゲノムアラインメント内に同定された多数の微小な逆位 [一般]
    * 古田芳一 (東大)    遺伝子内ドメイン移動 (DoMo):タンパク質多様化の新しいしくみ [一般]
    * 西山智明 (金沢大)    植物の初期進化解明へのゲノム情報からのアプローチ [一般]

16:00 -
Session 5: 進化生物学 2 (座長・佐藤[行])
    * 福島健児 (総研大)    食虫植物の消化酵素遺伝子における平行進化 [一般]
    * 松波雅俊 (総研大)    Paralogous conserved non-coding sequences in vertebrates related to the ancient whole genome duplications [LT]
    * 入江直樹 (理研)    動物進化と発生にまつわる謎に挑む [LT]
    * 佐藤行人 (遺伝研)    硬骨魚類のコア遺伝子セットを明らかにする:機能研究推進のための「手厚い」分子系統解析の自動化 [LT]

16:55 -
Session 6: ゲノム解析・遺伝子相同性 (座長・岩崎)
    * 石渡啓介 (金沢大)    次世代シーケンサーを利用した非モデル生物のゲノム解析におけるライブラリ調整法の開発 [LT]
    * 向出貴裕 (名古屋大) 哺乳類ゲノムにおける制限酵素認識部位の分布解析 [LT]
    * 松本拡高 (東大)    確率モデルによるハプロタイプアセンブリ手法の開発 [LT]
    * 鈴木脩司 (東工大)    マルチCPUコアとGPUを用いた高速な配列相同性検索 [一般]

17:40 -
フラッシュトーク
*第2日目に研究発表(LT&一般)をされる方に、簡単な自己紹介&研究紹介をお願いします
*すぐ後に始まるポスターセッションでの交流を促すための催しです

18:10 - 21:00
ポスターセッション&懇親会

<10 月 16 日(日) 会場: 岡崎コンファレンスセンター・中会議室>

09:00 -
Session 7: 生殖生物学 (座長・佐藤[昌])
    * 佐藤昌直 (基生研)    生殖細胞機能ゲノミクス確立に向けた情報学的取り組み [LT]
    * 小宮怜奈 (遺伝研)    イネ生殖細胞特異的Argonauteタンパク質MEL1と結合するsmall RNAsの同定 [一般]

Session 8: 情報伝達・代謝ネットワーク (座長・佐藤[昌])
    * 中津海洋一 (九大)    リン酸化プロテオミクスによる新規mTOR下流分子の網羅的探索と機能解析 [一般]
    * 川崎翠 (慶應大)    CE-TOFMSによるTHAラットのメタボローム解析 [LT]
    * 澤田和典 (北海大)    Corynebacterium glutamicum のピルビン酸キナーゼ欠失株における菌体収率の向上 [LT]
    * 大林武 (東北大)    遺伝子共発現の計算法ならびに計算に必要なマイクロアレイのサンプル数 [LT]

10:20 -
Session 9: エピジェネティクス (座長・入江)
    * 横山貴央 (東大)    ホヤのメチローム解析から探る組織特異的プロモータメチル化の起源    [一般]
    * 新土優樹 (慶應大)    選択的スプライシングとヒストン修飾の関係性に関するコンピューター解析 [LT]
    * 小川隆 (慶應大)    ヒトにおけるヒストン修飾パターンのゲノムワイドな解析 [LT]
    * 玉田洋介 (基生研)    ヒメツリガネゴケ野生型およびH3K27メチル化酵素欠失株を用いたトランスクリプトーム・エピゲノム解析 [LT]

11:15 -
Invited talk II: 小山宏史先生 (基礎生物学研究所 初期発生研究部門)
細胞質分裂の力学的状態の予測とその役割

12:05 -
Luncheon seminar: 株式会社 ライフテクノロジーズジャパン

13:20 -
Session 10: システム生物学 (座長・岩崎)
    * 前田和勲 (九工大)    A Symmetric Dual Feedback System is a Robust and Entrainable Oscillator for Circadian Rhythm [一般]
    * 荒川和晴 (慶應大)    ヨコヅナクマムシのマルチオミクス解析 [一般]

Session 11: 画像解析・文献情報 (座長・岩崎)
    * 多田圭佑 (東大)    HE染色された切片画像を用いた組織の特徴量抽出と分類 [一般]
    * 岩崎渉 (東大)    文献管理+文献推薦=TogoDoc [LT]

14:40 -
Session 12: 遺伝子の複製・発現・翻訳制御 (座長・荒川)
    * 岩田浩明 (京大)    次世代シーケンサーデータを用いた新たなスプライスバリアント生成メカニズムの解明 [一般]
    * 町山麻子 (東大)    真核生物mRNA環状化機構の構造生物学的解明 [LT]
    * 河野暢明 (慶應大)    バクテリア環状染色体の複製終結機構の解明 [LT]
    * 玉木聡志 (慶應大)    バクテリアにおける同義コドンのポジショニング解析 [LT]
    * 山岸潤也 (帯広畜産大) トキソプラズマ原虫のトランスクリプトーム解析 [LT]

15:35 -
全体企画~ワールドカフェなど

16:35 -
閉会の挨拶・諸連絡



第3会研究会の受付は、9/11 をもって終了しました。ご応募をありがとうございました。

 

【参加者の皆様へ】

  次の 3 点を、アナウンス致します。

1) 旅費にあてる研究費をお持ちでない方へ: 全員について旅費をサポートできる見込みです。該当する方々へは、旅費支出のために、いくつかの書類手続きをお願い致しますので、当会開催スタッフからのEメール連絡にご留意をください。

 2) 開催プログラム: 現在、編成中です。要旨集の送付まで、今しばらくお待ちください。研究会の開催日時は、開始: 10/15 am 10:00、終了: 10/16 pm 5:00 となる見込みです。

 3)研究発表ポスターのボードサイズ: 高さ 120 cm × 幅 90 cm (ポールの高さは 180 cm)をご用意致します。A0 を 1 枚A4 (縦貼)なら 16 枚を貼ることが出来ます(下記の図を参照)。

   以上、よろしくお願い致します。

2011 年 9 月 16 日

生命情報科学若手の会

 


「生命情報科学若手の会」では、第3回研究会を10/15(土)-16(日)愛知県岡崎市の基礎生物学研究所にて開催します。

実験からのアプローチに軸足を置く若手研究者にとっても、「次世代シーケンサー」「様々な定量的解析(遺伝子・タンパク・細胞・組織レベル)」「ライブイメージングや画像情報解析」などの諸手法・ツール等の発展により、情報学的視点を備えての研究展開がさらに求められるようになってきています。

そこで、上のように広い意味での生命情報科学へ『ぜひトライしたい』『すでに一線で研究展開している』『新しいアイデアを以ってアタックしている』若手研究者・大学院生の皆さんからの、ご参加と活気あふれる話題提供を募ります。

当研究会では,参加者全員に口頭発表とポスター発表をお願いしております。

参加者の立場や希望に応じて、次の2つの形式からどちらかを選ぶことができます。

 1)一般発表(15分程度)とポスター発表
 2)Lightning Talk(5分程度)とポスター発表
 ※2) は学生の方や、実験をメインとするが情報解析の手法も取り入れたいと考えている方などを想定しています。

参加には事前登録が必要となりますが、参加費はなし(無料)です。
さらに、発表者の交通費・旅費は、基礎生物学研究所の後援によりサポートする予定です。
ただし、予算や時間等の都合により発表者の人数を制限させていただくことがあります。
また、ご自身の研究費を有する方には、自費でのご参加を願う場合もあります。ご了承ください。

10/15(土)には、国立遺伝学研究所の木村暁先生、および基礎生物学研究所の小山宏史先生による招待講演を予定しています。
細胞レベルの実験アプローチと情報/シミュレーション解析の統合から迫る『細胞建築学』譚に耳を傾け、
「若手の会」ならではの雰囲気を楽しみながら一緒に議論してみませんか。

参加を希望される方は、下記の募集案内に従って、9月7日(水)までに応募ください。 

 

募集要項

参加・研究発表を希望される方は 9/11(日)(延長しました)までに

 - 発表タイトル・要旨(A4 1枚.こちらのdocフォーマットを使い,添付ファイルとしてお送り下さい.なお3MBを超えるファイルは送信エラーとなることがあります,その場合はお問い合わせください.)
 - 発表形態(一般発表/LT)
 - 名前,メールアドレス,所属と身分,性別(宿泊手配の為)
 - 旅費に充てることが出来る研究費の有無
 - 発表タイトル・要旨のウェブ上での公開の可否
 - 個人ウェブページのURLや論文発表リスト

を  このメールアドレスは、スパムロボットから保護されています。アドレスを確認するにはJavaScriptを有効にして下さい  までお送り下さい.

以下にメールテンプレートを用意してあります.コピーしてお使いください. 

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件名: 第3回研究会参加申込

-----------------------------------------------------
・氏名(ふりがな)
 
 
・性別
 
 
・メールアドレス
 
 
・所属,身分
 〇〇大学〇〇研究科.博士課程○年,等
 
・希望セッション
 一般発表/LightningTalk のいずれか

・発表タイトル
 
 
・発表タイトル・要旨のウェブ上での公開の可否
 可/タイトルのみ可/不可
 
・旅費に充てることのできる研究費の有無
 有/無
 
・個人ウェブページのURLや論文発表リスト等(有る場合)
 
 
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最後に,発表要旨の添付をお願い致します
3MBを超えるファイルは送信エラーとなることがあります,その場合はお問い合わせください).
最終更新 2011年 10月 30日(日曜日) 15:21
 
ライフサイエンスバー vol.2 PDF

ライフサイエンスバー vol.2(2010/9/3@バーAurra,渋谷)
「生命情報ツールのマッシュアップ 開発者とユーザの視点から」
オープンバイオ研究会 × 生命情報科学若手の会

オープンバイオ研究会とのコラボレーションにて,上記研究会を「ライフサイエンス・バー」形式で開催します.
心地よい音楽とドリンク・フードで,議論や交流を盛り上げましょう.

プログラムが確定しました→ http://wi.cb.k.u-tokyo.ac.jp/files/lifesciencebar02.pdf

計算機を使った解析の重要性は増すばかりで,今後,計算機を全く使わない生物学者は存在しなくなるでしょう.
各々の生物学者が1からツールを作成することも必要でしょうが,既存のツールの組み合わせで済むならばそれに越したことはありません.
ところが各ツールはそれぞれ独自の規格を用いていることから,それらを組み合わせ,結果を大量に比較することは容易ではありません.
このツール間の連携を促進し,これからの時代のデータ解析環境を発展させるために,ツールの開発や利用における問題点や解決法について議論します.

トピックス:「既存のツールを組み合わせて計算環境を構築する」
日時:2010年9月3日 (金) 18:00〜22:00
場所:渋谷 バーAurra
地図:http://hwsa8.gyao.ne.jp/aurra/access.htm
会費:3000円(資料・ワンドリンク・フード付.追加ドリンクは500円から)

当日どの時間からの飛び入り参加も可能ですが,人数などを把握したいのでできるだけこちらから参加登録をお願いいたします

ライフサイエンスバーという性質上,全員での気軽な議論を可能とするために参加者全員に1分プレゼン(スライド1枚の自己紹介)をお願いします.同様の内容でればテンプレートを使わずに自由に作っていただいても構いませんが,以下のテンプレートをもとに作成していただけますと助かります.右上のインジケータで「開発者」と「ユーザ」のどちらの立場に近いかを示して下さい.
1分プレゼンスライドは8月31日までに このメールアドレスは、スパムロボットから保護されています。アドレスを確認するにはJavaScriptを有効にして下さい 宛にお送りください.個人情報を多く含みますので,お送りいただいたスライドは当日のみ使用し,ウェブなどに掲載はいたしません.

 KeyNote テンプレート:http://www.g-language.org/data/gaou/tmp/lifesciencebar02-gaou.key
 PowerPoint テンプレート:http://www.g-language.org/data/gaou/tmp/lifesciencebar02-gaou.ppt

プログラム

18:00-18:10 はじめに(荒川)
18:10-18:40 セッション1:1分プレゼン
・ライフサイエンスバーという性質上、全員での気軽な議論を可能とするために、参加者全員に1分プレゼン(スライド1枚の自己紹介)をお願いします。
18:40-20:10 セッション2:講演(10分+質疑5分 * 6演題)
・以降のセッションでの議論のきっかけになる演題を短めの発表(10分)で行います。
20:10-20:15 遅刻者用1分プレゼン
20:15-21:00 セッション3:全体議論「既存のツールを組み合わせて計算環境を構築する」
・マインドマップによる議論の可視化と共に、参加者全員で「既存のツールを組み合わせて計算環境を構築する」時の課題・問題点・向うべき方向性、あるべきクールで便利なバイオインフォマティクスソフトウェアとその環境に関して議論していきます。
21:00-22:00 セッション4:自由議論
・せっかくのお酒と音楽のある「バー」ですので、最後は交流と議論を自由に楽しんでいただきます。遠方からのご来場であまり遅くまでの参加が難しい場合、このセッションで適宜帰宅していただいて構いません。

演題募集

「既存のツールを組み合わせて計算環境を構築する」について、議論のきかっけになるクールなプレゼンテーションをして頂ける方を募集します。ユーザの視点と開発者の視点それぞれの演題を、若手優先で採択させていただく予定です。ライフサイエンスバーという形式のため、発表は10分と短めの時間で、それ以降の議論に重点をおかせていただく予定です。

発表希望の方は このメールアドレスは、スパムロボットから保護されています。アドレスを確認するにはJavaScriptを有効にして下さい 宛に「ライフサイエンスバー vol.2 発表希望」と書いたメールに以下の内容を出来るだけ早く(遅くても7月中に)お送りください。

    * 名前
    * 所属
    * タイトル
    * 概要(1パラグラフ程度)
    * ユーザ側・開発者側(該当する物を選んで下さい)
    * 若手かどうか(基準はお任せいたします)
    * 発表をイメージできるクールな画像1枚

最終更新 2011年 10月 16日(日曜日) 16:36
 
第1回研究会 PDF

第1回研究会(2009/4/25-26,国立遺伝学研究所@三島)

無事に日程を終了しました.
「楽しく,また期待していた以上にレベルの高い有意義な会だった」
とのコメントを参加した多くの方からいただきました.

第2回研究会は来年6月の開催を計画しています.

第一回研究会

スタッフの一部は昨年,今後の目標とするために
「生化学若い研究者の会 創立50周年祝賀会」に参加してきました.
それは参加者100名以上の大規模な祝賀会だったのですが,会場には
何十年も昔の若き時代を共に過ごした一体感が満ち溢れていました.
当若手の会もまた,今後永きに渡りバイオインフォマティクスを中心とした
若手研究者の切磋琢磨する場となっていくよう努力してゆく所存ですし,
今回の研究会の成功はそれを予感させるものであったと深く感じ,
ご参加の皆様に感謝申し上げます.

第1回研究会(年会)プログラム

4月25日(土)
11:10-11:30 岩崎 渉 (東大)
 複数遺伝子を必要とするシステムの獲得はどのようにして可能になったのか
11:30-11:50 平糠 和志 (京大)
 パスウェイモジュールの転写ネットワークに関する比較解析
12:00-12:20 佐藤 行人 (遺伝研)
 Evolution of multiple phosphodiesterase isoforms in stickleback involved in olfactory signal transduction pathway
12:20-12:40 松波 雅俊 (総研大)
 Phylogenetic footprinting reveals evolution of conserved non-coding region within Hox clusters through the two rounds whole duplication.
12:40-13:00 大林 武 (東大)
 遺伝子共発現データベースATTED-II, COXPRESdb
14:00-14:20 佐々木 江理子 (東大)
 公開マイクロアレイデータを用いた実験データ間の相関ネットワーク解析法およびデータベースAtCAST の開発
14:20-14:40 永野 惇 (京大)
 遺伝子発現量多型と全ゲノム関連解析
14:40-15:00 加藤 毅 (お茶大)
 欠損推定量と雑音の分布を用いたマイクロアレイデータ分類
15:20-15:40 松井 淳 (京大)
 Is the smell sense of humans inferior to those of other primates?
15:40-16:00 八谷 剛史 (慶應大)
 OASYS: Orthology Assignment based on Synteny and Sequence Information
16:00-16:20 Kris Popendorf (慶應大)
 Scalable Multi-genome Comparison Using Long Spaced-Seeds and MPI
16:40-17:00 矢原 耕史 (久留米大/富士通九州)
 微生物集団のダイナミクスとその解析手法 ―シミュレーション、集団遺伝、疫学、ベイズ統計の接点から―
17:00-17:20 北村 彩 (日本科学技術振興機構)
 RNA 結合タンパク質とrRNA 間の相互情報量の解析
17:20-17:40 浜田 道昭 (みずほ情報総研)
 正確な塩基対推定のためのRNAの2次構造予測 ~”分布”を考えることの重要性~
18:00-19:00 宮野 悟 先生 (東大)
 特別講演
19:00-21:00 交流会,ポスターセッション
21:00- 旅館に移動

4月26日(日)
10:00-10:20 森 明弘 (総研大)
 Combination of cis-regulatory modules for temporal regulation of gene expression in C.elegans: Towards promoter design
10:20-10:40 前田 和勲 (九工大)
 インターロックフィードバックが概日リズムのロバストネスに与える効果
10:40-11:00 荒川 和晴 (慶應大)
 仮説推論・検証型 生命情報科学のためのソフトウェアとインタフェース -G-language・GEM System・Genome Projector・E-Cell 3D .
11:20-11:40 小田 浩之 (九大)
 2種類のプロファイルを用いたタンパク質の機能部位解析
11:40-12:00 森田 瑞樹 (医薬基盤研)
 希少疾患,オーファンドラッグの研究開発促進に向けて
13:00-13:20 荒井 ひろみ (東工大)
 A new modeling method in feature construction for the HSQC spectra screening problem
13:20-13:40 丹谷 恵子 (東工大)
 共通な触媒ドメインをもつ酵素の機能的差異におけるドメイン構成の影響
13:40-14:00 黒田 大祐 (阪大)
 計算機による抗体設計: 抗体の「薬らしさ」の指標の提案
14:20-14:40 加藤 翔 (北大)
 幾何的接尾辞木を応用した構造モチーフ探索手法の提案
14:40-15:00 佐藤 大介 (産総研)
 Intramolecular interactions to Intermolecular interactions
15:00-15:20 渡邉 博文 (神戸大)
 インフォマティクス(分子シミュレーション)から創薬へ


「生命情報科学若手の会」設立および第1回研究会(4/25-26,三島)のご案内

「生命情報科学若手の会」に参加しませんか?

バイオインフォマティクス・ゲノム科学分野で研究を行っている
全国の若手研究者ー大学院生の交流を行うことを目指し,
このたび「生命情報科学若手の会」を立ち上げることとなりました.
いわゆるドライ・ウェット等は問いません.

第1回研究会を4/25(土)-26(日)に静岡県三島市の国立遺伝学研究所にて開催します.
今回の研究会では,20名強を定員とし,全員に15-20分の口頭発表および
ポスター発表を行っていただくことを予定しています.

参加費は無料です.また,発表者については,原則として
会場への交通費・宿泊費・食事代をサポートいたします.

さらに,ゲストスピーカーとして東大医科研の宮野悟先生
若手研究者・大学院生へのメッセージとして,研究費の取り方やネットワークの
広げ方など普段の学会等ではなかなか聞けない"実践的な"お話をいただく予定です.

参加・研究発表を希望される方は 3/23(月)まで
・名前,メールアドレス,所属と身分,性別(宿泊手配の為)
・個人ウェブページのURLや文献リストpdfファイル等
・発表概要(A4  1枚.docフォーマットをお使いください)
このメールアドレスは、スパムロボットから保護されています。アドレスを確認するにはJavaScriptを有効にして下さい までお送りください.

活発に研究をされている全国の若手研究者・大学院生の皆さまのご参加を
お待ちしております(特に,異分野の研究に対して積極的にディスカッシ
ョンできる方を歓迎いたします).

FAQ

Q.
「20名強」というのはスタッフを含んでいるのですか?
また,スタッフ外では具体的に何名参加を受け付けているのですか?
A.
20名強という数字は,暫定的に作成したプログラムから求めた,
「研究会の雰囲気をお伝えするための」数字です.
具体的な発表者の数や,参加者中のスタッフの割合などについては,
実際にどの程度参加希望をいただけるかを見てから決定いたします.
何分,どの程度の参加希望をいただけるかなど全くわからない状況で
会を立ち上げておりますので,ご理解いただければ幸いです.

Q.
公にしたくない内容を発表したいのですが.
A.
発表内容に関して,本若手の会としては特に守秘義務は設けない予定です.
もし公にしたくない発表内容等ございましたら,参加者への守秘のお願い
などについては,ご自身で対応していただくようお願いいたします.

最終更新 2010年 7月 21日(水曜日) 09:55
 
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